游戏设定在斗罗大陆这个奇幻的世界中，这里武魂的力量高于一切。人们通过修炼武魂来增强自身能力，在武魂的辅助下，人们可以施展出各种惊人的技能。斗罗大陆上存在着不同的武魂宗门和势力，而这其中最具传奇色彩的莫过于史莱克学院。
游戏的主线剧情从唐门外的小村庄开始，玩家将扮演一名天赋异禀的少年，偶然之下觉醒了强大的武魂。通过一系列的事件，玩家的角色会被史莱克学院所注意，并进入学院开始一段传奇的修炼之旅。
在史莱克学院，玩家将与唐三、小舞等原著中的经典角色成为同门，共同学习、战斗，参与各种考核和任务。随着剧情的深入，玩家将逐步揭开武魂世界背后的秘密，包括武魂真身的奥秘、大陆历史的变迁，以及隐藏在历史阴影中的强大敌人。
在探索的过程中，玩家发现了一个惊天的秘密——原来斗罗大陆上的和平只是表象，一个名为“神界”的强大势力正暗中观察这片大陆，而他们的最终目标是彻底征服斗罗大陆，将之变为神界的附庸。为了保卫家园，玩家与史莱克学院的伙伴们一起，开始了一系列针对神界势力的战斗。
在多次与神界势力的交锋中，玩家逐渐发现，敌人之中也有着自己的痛苦与无奈。原来，神界的行动并非无缘无故，而是因为神界本身正面临着一场前所未有的危机，他们种族的存续甚至可能因此而完结。知晓了这些信息后，玩家开始试图寻找一种既能保护斗罗大陆，又能帮助神界解决危机的方法。
经过一番艰苦卓绝的努力，玩家终于找到了解决问题的钥匙。在史莱克学院以及神界的部分力量的帮助下，玩家不仅成功阻止了双方的战争，还帮助神界解决了他们面临的危机。在斗罗大陆和神界之间建立起了一个和平共存的桥梁，这个成果不仅让玩家成为了两个世界的英雄，也让整个世界因此变得更加美好。
《斗罗大陆斗神再临》的剧情发展丰富而深刻，不仅让玩家在探索中感受到了斗罗大陆的魅力，还通过与神界的冲突和解，体现了和平与希望的主题。整个故事仿佛是一部跌宕起伏的史诗，让人在玩游戏的也能深深地被其所吸引，沉浸在那个奇幻而又真实的世界中。
